พันธุ์ทุเรียนในสวนแบบดั้งเดิม ในท้องถิ่นต่างๆ เช่น สวนหลายแห่งในจังหวัดนนทบุรีได้ผ่านการคัดเลือกโดยเกษตรกรผู้มีประสบการณ์มาเป็นเวลายาวนาน สวนที่เก่าแก่บางแห่งอาจมีพันธุ์ทุเรียนมากมายหลายสิบพันธุ์ ซึ่งจัดว่าเป็นฐานพันธุกรรม ที่ประเมินค่ามิได้ และควรได้รับการอนุรักษ์ไว้เพื่อเป็นต้นทุนในการปรับปรุงพันธุ์ทุเรียน อย่างเป็นระบบ รวมทั้งเพื่อรับมือต่อการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศในอนาคต

ทุเรียนพันธุ์ปลูกของประเทศไทยจากทั้งหมด ๑๗๔ พันธุ์ เป็น ๖ กลุ่มพันธุ์ คือ กลุ่มกบ กลุ่มลวง กลุ่มก้านยาว กลุ่มกำปั่น กลุ่มทองย้อย และกลุ่มเบ็ดเตล็ด โดยใช้ลักษณะรูปร่างใบ ลักษณะปลายใบ ลักษณะฐานใบ ลักษณะทรงผล และรูปร่างของหนามผล ซึ่งเชื่อว่าเป็นลักษณะที่ค่อนข้างคงที่ ไม่แปรปรวนไปตามสภาพแวดล้อม